Opposing Force, Half-Life ile aynı zaman diliminde geçmektedir. Bilim adamlarının gerçekleştirdiği deneyin ters gitmesi sonucu, Xen gezegenindeki yaratıklar ışınlanarak tesise gelir ve tüm düzeni altüst ederler. Tanıkları yok etmek amacıyla, içinde Adrian Shephard'ın da bulunduğu geniş çaplı bir operasyon düzenlenir ve HECU (Hazardous Environment Combat Unit : Tehlikeli Çevre Savaş Birimi) isimli özel askeri güçler bölgeye gönderilir.

Bunlar, Black Mesa'nın yüzeyindeki önemli konumlara büyük kamplar kurarlar ve birlikler halinde tesisin derinliklerine inerler. Fakat uzaylı yaratıklara karşı fazla direnemezler ve işi ellerine yüzlerine bulaştırırlar. Alınan raporları göz önünde bulunduran hükümet, HECU'nun geri çekilmesini ister. Kalan askeri personel geldiği gibi giderken, onların yerine profesyonel suikastçılar gönderilir. Bu suikastçıların amacı Black Mesa'nın ana bölümlerini ele geçirmek ve durumu bir nebze olsun kontrol altına almaktır. Bunun yanı sıra önlerine çıkan canlıları yok etmek de görevleri arasındadır.

Adrian Shephard ise tüm bunlardan habersizdir, çünkü içinde bulunduğu hava aracı düşürüldükten sonra baygın bir halde saatler geçirir. Ayıldıktan sonra karşılaştığı bir bilim adamından son durumları öğrenir ve Black Mesa'dan kaçmanın yollarını arar. Tesiste mahsur kalan HECU askerleriyle iş birliği yapar, yalnız devam etmesi gereken yerlerde dev yaratıklarla savaşır. Black Mesa'dan ayrılmak bir yana, fark etmeden daha da derinlere iner ve kendini çıkmaza sokar. Orada Xen'in önemli yaratıklarından birini öldürdükten sonra, kendini bir anda G-Man ile bulur. Black Mesa faciasını kısaca özetleyen G-Man, onda büyük bir potansiyel keşfettiğini söyler ve Gordon Freeman'a yaptığı gibi Adrian Shephard'ı da zaman boşluğuna hapseder.